От 13 марта 1987 года учрежден государственный Фролихинский заказник № 94 федерального значения на основе указа комиссии министров Бурятской АССР. Основная задача заказника – это восстановление и воспроизводство количества диких животных, охрана охотничьих исчезающих и редких видов животных, а также места их обитания, памятников природы и ландшафтов.
Заказник имеет площадь в 109,2 тыс. гектаров. Расположен он в Республике Бурятия в Северобайкальском районе на северо-восточных берегах Байкала, в северной части Баргузинского хребта на западном склоне.
Высокогорный рельеф, кое-где среднегорный, вершины гор остроконечные, попадаются скалы-останцы высотой 3 – 16 метров, гребни хребтов узенькие, часто скалистые. Характерно ощутимые колебания высот (от 450 и до 2840 м н.у.м.). Над озером Фролиха господствует вершина горы – голец Медвежий – достигает до 1877 м над уровнем моря. В сейсмической зоне находится территория заказника, где были зафиксированные землетрясения и набирали силу в 8 – 9 баллов.
В Северном Прибайкалье климат резко континентальный, с высокой амплитудой колебаний суточной и годовой температур. На климат прибрежной полосы, водные массы озера Байкала, оказывают большое влияние. Горный резко пересеченный рельеф, помимо этого, создает условия охлаждения и нагревания поверхности земной коры, помещая эти влияния в зависимость от степени обнаженности и от крутизны их склонов. По мере отдаления от озера местная атмосферная циркуляция сглаживается, за краями горных хребтов, облегающую впадину Северо-Байкальскую, главным фактором образования климата является суммарная циркуляция атмосферы. Циклоническая неустойчивая погода преобладает в теплое время года, а в холодное – над местностью образуется Сибирский зимний циклон, характеризующийся морозной ясной погодой. По данным метеостанции Нижнеангарска, среднегодовая температура воздуха составляет -3,3 °С. В июле наблюдается максимальная средимесячная температура +17 °С, а минимальная – в январе от -20 до -40°С. Летние температуры не подымаются выше +40°С, а в январе могут опускаться до -51°С. 90 – 130 дней длится безморозный период. 67% - относительная среднегодовая температура воздуха. Крайне не равномерно выпадают атмосферные осадки. В теплый период года (июнь – август), выпадает от 79% до 93%, а в холодный – от 7% до 21%. На побережьях озера Байкал, мощность снегового покрова, в среднем приходится 40 см, и до 1,5 метров и более, выпадает на горные участки. До 3 метров – глубина промерзания почвы.
На западно-северной окраине Бургузинского хребта, начинаются все реки с западной стороны на макросклоне хребта, и в озеро Байкал - впадают. По глубоким ущельям протекают эти реки, имеют порожистое русло и быстрое течение. Для водного режима, основной особенностью, является горно-пойменный режим, и для него же свойственны весеннее - летние паводки. Главным образом формируется водный сток за счет летного высокогорного питания и весеннего снеготаяния.
Под влиянием значительно изрезанного рельефа и под воздействием сурового климата сформировались почвы восточно-северного побережья оз. Байкала. На высокогорной территории, почвообразующими породами, оказываются следствие выветривания коренных пород. Вертикальная зональность проявляется в распределении почв. Гольцами и каменистыми россыпями, преимущественно занята зона высокогорья, суглинистые поверхностно-оглеенные и таежно-горные почвы, преобладают в предгольцовой зоне. В таежной зоне, расположенной ниже, широко представлены песчаные и таежно-горные суглинистые почвы. Заболочены в значительной степени долины рек. Доминируют торфянисто- или глеево-торфянисто-перегнойные почвы, изредка попадаются аллювиально-луговые почвы.
С западной стороны Баргузинского хребта, охватывая Фролихинский заказник, территория восточно-северной части, числится к подзоне средней тайги Байкальско-Ленской подпровинции в Средней Сибири кедрово-елово-лиственничных лесов. На восточно-северном побережье озера Байкала, в связи с его охлаждающим действием, растительность подобна предтундровой полосе северной тайги, леса обычны лиственные из кедрового стланика из лиственницы даурской с подлеском, свойственных субальпийскому поясу - кустарниковые виды берез. Кедровый стланик встречается местами сплошными зарослями. Здесь невысокие деревья, леса редкостойные. Лишайники обычные – кладония лестная и альпийская, обильно застилают почвенный покров, а также пепельник, но он менее обилен. В субальпийском поясе свойственны также кустарниковые ивы, которые встречаются в устьях рек, это: ива Крылова, ива растопыренная, прямосережковая, копьевидная, березка тощая. Кашкара, рододендрон золотистый, растет на каменных мшистых склонах. Низкорослый, широколистный кипрей растет на береговых галечных валах. Оазисами выглядит растительность южной экспозиции, хорошо дренированных влажных склонов, среди лесов северного вида. На таких склонах встречаются тепло- и влаголюбивые пихты, голокучники расставлено-перистые, высокотравье с папоротниками – зубчатые и женские кочедыжники, злаком – широколистной цинной, копьевидной какалией и другими растениями, характерны южной тайге. К зоне хвойной тайги, относится территория заказника, сформированная сплошными массивами, только гольцевой пояс туда не входит. 91,9 тыс. гектаров занимают леса. На территории заказника, важным лесообразующими породами, оказывается пихта, сосна и лиственница даурская. А также встречается береза, осина, ель и кедр. В подлеске и сплошными массивами произрастает кедровый стланик. Пустоши лишайниковые и заросли кедрового стланика распространены на высотах от 1600 метров над уровнем моря. В местах бывших пожаров в основном расположены ивовые, осиновые и березовые насаждения.
На склонах южной экспозиции на озере Фролиха рядом с тропой из губы Аяя, виявлено уникальное растительное сообщество, свойственное в южной тайге, включают в себя влаго- и теплолюбивые пихтовые насаждения с папоротниками и высокотравьем.
В Баргузинском хребте в гольцовой части встречаются лишайниково-моховые и сырые моховые тундры с содействием кассиопеи на западно - южном пределе личного запаса. Альпийские луговые сообщества, относятся к числу редких. 1600-2800 метров над уровнем моря занимают высоты этих сообществ. Характерны для них промерзающие горно-луговые почвы и альпийский рельеф. В подгольцовых природных комплексах, из редких сообществ, попадаются редины лиственницы Гмелина с уровнем растопыренной березки, которая располагается у своего западно-южного предела распространения. Пихтово-каменноберезовые парки, редины пихты сибирской с ярусом растопыренной березки, являются эндемичными, из субальпийских природных комплексов.
Сообщества ложноподгольцового природного комплекса, относятся к достопримечательностям Прибайкалья, которые размещенные на берегах Северного Байкала, овладевающие древние байкальские террасы и конусы выноса горных рек, занимают высоту до 100 метров над уровнем воды озера. У них преобладают, в растительном мире, сообщества кедрового стланика, чередуясь с ними, вырастают багульниково - брусничные лиственничники с рядом кедрового стланика. В губе Аяя хорошо выражаются эти сообщества.
Сосновые, кедровые, пихтовые и лиственничные леса с учетом кедрового стланика, относятся к лестным эндемичным сообществам, которые располагаются на западных пределах своего распространения. Ольховые леса относятся к редким сообществам. Они расположены у западно-южных границах своего запаса, и попадаются в сочетании с зарослями различных кустарников (ивы, душекия, черемуха). Уникальные шильниковые и полушниковые формации, представляют наибольший интерес из водных сообществ, обитающие в озере Фролиха и в олиготрофных озерах с севера на Прибайкалье. Насчитываются на территории заказника, более 17 видов растений, редкостных и находящихся под угрозой исчезновения.
На территории Фролихинского заказника располагаются такие животные и птицы: медведь, заяц, волк, росомаха, лисица, белка, горностай, соболь, дикий северный олень, кабарга, изюбрь, лось, водоплавающие птицы, глухарь. В пролете и гнездования встречаются в заказнике огромная численность водоплавающих птиц, из них основные гнездящиеся виды - крохаль, луток, гоголь, шилохвость, свиязь, серая утка, чирки, кряква. Для отдыха и гнездования мигрирующих и водоплавающих птиц, основными местами оказывается - озеро Фролиха, устья рек Бирая, Ширильды и Фролиха.
Вот некоторые зарегистрированные на территории заказника виды животных, которые занесены в Красную книгу Республики Бурятии: птицы – желтобровая овсянка, сибирская чечевица, сибирская обыкновенная пищуха, пестрый дрозд, пестрый каменный дрозд, красноспинная горихвостка, желтоголовый королек, обыкновенный зимородок, филин, белая сова, горный дупель, серый журавль, сапсан, кречет, орлан-белохвостый, беркут, скопа, каменушка, лебедь-кликун, черный аист, большая вопль; млекопитающие – северный олень, выдра, черношапочный сурок, ночница Иконникова; с пресмыкающихся – прыткая ящерица; с рыб – ленок, таймень, арктический голец; с земноводных – остромордая лягушка.
Некоторые памятники природы расположены в заказнике: бухта Аяя; на мысе Турали – скала Папаша; озеро Фролиха; геологический памятник – «Поющие пески Турали»; в дельте реки Фролиха - источник Фролихинский; со скалой мыс Хаман-Кит, представляющий могущественное божество Дианду на Байкалье.